В 1964 году в I Московском медицинском институте, на базе НИИ скорой помощи имени Н.В. Склифосовского была создана кафедра госпитальной хирургии №2, ранее носившая наименование кафедры хирургических болезней №4. Заведующим кафедрой был назначен известный хирург и ученый, ученик С.С. Юдина, академик АМН СССР Б.А. Петров. Затем кафедрой руководили профессор А.П. Сытник, ректор I ММИ, член-корреспондент АМН СССР В.И. Петров, академик РАМН Г.М. Соловьев. После Г.М. Соловьева кафедрой руководил академик РАМН А.Ф. Черноусов. С 2006 года кафедру возглавляет профессор А.И. Чернооков.

Кафедра занимается проблемами неотложной хирургии груди, живота, хирургического лечения доброкачественных и злокачественных заболеваний пищевода, желудка, толстой кишки. На кафедре проводятся научные исследования по проблеме хирургического лечения осложнений язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, ущемленных грыж живота. Одной из приоритетных разработок кафедры является проблема лечения сочетанной травмы груди и живота. Кроме того, на кафедре проводятся исследования в области флебологии. Изучаются возможности применения, ближайшие и отдаленные результаты современных методов лечения варикозного расширения вен нижних конечностей, в частности эндовенозной лазерной и радиочастотной облитерации вен, криофлебэктомии, эхосклерооблитерации.

На кафедре обучаются студенты 5-6 курсов, а также ведется очная подготовка специалистов в интернатуре (1 год), клинической ординатуре (2 года) по специальности «Хирургия», аспирантуре и докторантуре (3 года). Обучение проводится на бюджетной основе, по целевым договорам, а также на основе прямого договора с обучающимися.

На кафедре работают 5 профессоров, 3 доцента, 8 ассистентов, 3 преподавателя. Сотрудники кафедры, работающие на базах городских больниц, выполняют большой объем хирургической работы, проводят сложные операции, оказывают консультативную помощь в отделениях больниц.

Студенты, интерны и ординаторы имеют возможность обучаться и проходить производственную практику в профильных хирургических отделениях стационаров по всем направлениям клинической хирургии, изучать методики дополнительных, инструментальных методов диагностики. Клинические базы кафедры имеют в своем составе поликлинические отделения, сотрудники которых оказывают амбулаторную хирургическую помощь и отбирают контингент больных для планового оперативного лечения.

В настоящее время кафедра располагается на 3 клинических базах. Основной базой является городская клиническая больница №7. Кроме того, кафедра располагается на базе городской клинической больницы №79 и клиники «Центр Флебологии». Все клинические базы имеют современное оборудование, компьютерное обеспечение учебного процесса.