Клиническими базами кафедры являются хирургические отделения городских клинических больниц № 7 и 79, поликлиническое отделение ГКБ № 79.

В хирургических отделениях выполняется широкий диапазон плановых хирургических вмешательств по поводу грыж передней брюшной стенки, язвенной болезни желудка и 12-перстной кишки, желчно-каменной болезни, рака желудка и другой хирургической патологии.

Во всех клинических базах выполняются видеолапароскопические операции по поводу желчно-каменной болезни, грыж передней брюшной стенки.

Хирургические отделения ГКБ № 7 являются профильными по оказанию экстренной хирургической помощи взрослому населению. Здесь круглосуточно выполняются операции по поводу различной ургентной хирургической патологии. В ее составе несколько общехирургических отделений, отделение хирургии печени, отделение сердечной хирургии, отделение сосудистой хирургии, нейрохирургическое отделение, Московский городской центр трансплантации почки, урологическое и травматологическое отделения.

В состав городской клинической больницы № 79 входят общехирургическое отделение, отделение колопроктологии, отделение эндоскопической и пластической хирургии.

Сотрудники кафедры выполняют большой объем хирургической работы, проводят сложные операции, дежурят ответственными хирургами, оказывают консультативную помощь в других отделениях больниц.

Ряд палат ведется ассистентами кафедры, сложные клинические ситуации консультируются доцентами и профессорами кафедры. Еженедельно в отделениях проводится обход профессорами кафедры. Утреннюю хирургическую конференцию принимает заместитель главного врача по хирургии совместно с профессором кафедры.