Лечебная деятельность сотрудников кафедры факультетской хирургии № 1 осуществляется на базе хирургических отделений клиники факультетской хирургии им. Н.Н. Бурденко Университетской клинической больницы № 1.

Традиционно приоритетными научными задачами клиники являются вопросы хирургического лечения заболеваний органов брюшной полости и грудной клетки, сердечно-сосудистой системы, эндокринной системы, хирургической инфекции.