Первая кафедра оперативной хирургии была создана в Петербургской медико-хирургичес­кой академии в 1865 г. Н.И. Пироговым.

Современником   Н.И.    Пирогова   был Ф.И. Иноземцев (1802—1869) — первый директор факультетской хирургической клиники Москов­ского университета. Именно в период работы Ф.И. Иноземцева на кафедре практической хирур­гии был выделен самостоятельный курс оператив­ной хирургии с топографической анатомией. Со­гласно Уставу Российских университетов, приня­тому в 1863 г.. Московский университет счел необ­ходимым организовать кафедру оперативной хи­рургии с хирургической (топографической) анато­мией и десмургией.

Кафедра оперативной хирургии и топографи­ческой анатомии медицинского факультета Мос­ковского университета была создана в 1868 г. Пер­вым заведующим этой кафедрой стал Александр Петрович Расцветов (1825—1902). А.П. Расцветов принимал активное участие в открытии памятника Н.И. Пирогову (в августе 1897 г.) напротив клини­ки факультетской хирургии, руководимой в то время Александром Алексеевичем Бобровым.

В 1876 г. кафедрой стал заведовать талантли­вый хирург и педагог Н.В. Воронцовский. Напи­санное им «Руководство по оперативной хирургии» (1876) отражало уровень развития мировой и рос­сийской хирургии в 70-х годах XIX в. и содержало описание ряда оригинальных операций, в частнос­ти пластического ушивания расщепления неба.

В 1885 г. заведующим кафедрой был избран Александр Алексеевич Бобров (1850—1904) — вы­дающийся топографоанатом и хирург, активный последователь Н.И. Пирогова. А.А. Бобровым бы­ла составлена новая программа преподавания опе­ративной хирургии и топографической анатомии. Впервые топографическая анатомия была пред­ставлена в виде цельного курса. Благодаря его уси­лиям в 1891 г. кафедра получила помещение в новом корпусе на Девичьем поле вместе с кафед­рами патологической анатомии и судебной меди­цины. На кафедре был создан музей, оборудованы учебные помещения.

А.А. Бобров оставил глубокий след в отечест­венной и мировой хирургии как топографоанатом, экспериментатор и клиницист. Он одним из пер­вых произвел костно-пластическую трепанацию черепа, экспериментально обосновал и ввел в кли­ническую практику новый метод борьбы с шоком, разработал технику наложения глухого шва при эхинококкэктомии паренхиматозных органов, ви­доизменил и анатомо-физиологически обосновал метод грыжесечения паховых грыж. А.А. Бобров — автор «Курса оперативной хирургии и топографи­ческой анатомии» (1886) и «Руководства по хирур­гической анатомии» (1892). Замечательный хирург-практик, А.А. Бобров много внимания уделял опе­ративной хирургии и топографической анатомии и настойчиво пропагандировал тезис: «Путь в хирур­гическую клинику должен быть через анатомичес­кий театр, а хирург-клиницист, не прошедший анатомической школы, не может быть на высоте своего призвания».

В 1893 г. А.А. Бобров стал заведовать факуль­тетской хирургической клиникой Московского университета вместо перешедшего в Петербург­ский Еленинский институт усовершенствования врачей Николая Васильевича Склифосовского. На посту заведующего кафедрой остался его ученик и последователь Петр Иванович Дьяконов (1855— 1908).

П.И. Дьяконов создал большую школу топографоанатомов и хирургов, в которую вошли такие известные ученые, как Ф.А. Рейн, Н.К. Лысенков, Н.И. Напалков, А.П. Губарев и др. В это время музей кафедры был пополнен большим количест­вом топографоанатомических препаратов. Во мно­гом это было сделано благодаря разработанному Н.К. Лысенковым оригинальному способу сохра­нения анатомических препаратов в парах консер­вирующих веществ, в результате чего сохранялись цвет и консистенция тканей. Различные методы приготовления топографоанатомических препара­тов были описаны в «Кратком руководстве к при­готовлению препаратов по топографической ана­томии» (1895). Эти методы используют и в настоя­щее время. Под редакцией П.И. Дьяконова напи­сан также «Курс лекций по топографической ана­томии и оперативной  хирургии» в 2 томах. В это же время на кафедре было создано эксперимен­тальное отделение, в котором проводились практи­ческие занятия со студентами.

А.А. Бобров и П.И. Дьяконов оказали огром­ное влияние на развитие оперативной хирургии и топографической анатомии, в которых они пропа­гандировали клиническое направление, связывали оперативные приемы с физиологическими и пато­логическими процессами.

П.И. Дьяконов основал журнал «Хирургия», в чем ему помог А.П. Чехов, с которым П.И. Дьяко­нов был дружен. В последующем А.П. Чехову на­правляли каждый новый номер журнала.

С 1902 г. кафедру возглавлял ученик П.И. Дья­конова Федор Александрович Рейн, продолжив­ший работу по оснащению кафедры. В 1911 г. он вместе с группой профессоров подал в отставку в знак протеста против произвола царского мини­стра просвещения Л.А. Кассо.

С 1911 по 1915 г. кафедрой заведовал профес­сор Венгловский, а с 1915 по 1917 г. — профессор А.В. Старков, известный своими фундаментальны­ми трудами по топографии фасций таза, прямой кишки и др.

После революции Ф.А. Рейн вернулся на ка­федру, которой руководил до 1919 г. Им была про­ведена большая работа по восстановлению кафед­ры и организации учебного процесса.

После избрания Ф.А. Рейна деканом II Мос­ковского медицинского института в 1919 г. заведу­ющим кафедрой оперативной хирургии и топогра­фической анатомии был избран Петр Александро­вич Герцен (1871—1947), внук демократа и рево­люционера, ученого и писателя А.И. Герцена. П.А. Герцен переработал программу по оператив­ной хирургии, в основу которой было положено физиологическое обоснование применяемых хи­рургических методов лечения. П.А. Герцен стал ос­новоположником российской онкологии, его име­нем назван Московский научно-исследователь­ский институт онкологии.

В 1923 г. в связи с избранием П.А. Герцена за­ведующим кафедрой общей хирургии кафедру опе­ративной хирургии и топографической анатомии возглавил профессор Николай Нилович Бурденко (1876—1946). При кафедре было восстановлено экс­периментальное отделение, в котором проводились не только научная работа, но и занятия со студен­тами, были приобретены современные наборы хи­рургических инструментов и аппаратура, рентге­новский аппарат. В 1927 г. Н.Н. Бурденко перешел на кафедру факультетской хирургии, которой он заведовал до конца жизни. Наряду с этим он осно­вал и стал первым директором Института нейрохи­рургии, который носит его имя. В годы Великой Отечественной войны Н.Н. Бурденко, являясь главным хирургом Советской Армии, активно уча­ствовал в организации Академии медицинских наук СССР и был ее первым президентом.